ФК Работнички е формиран во втората половина на 1937 година кога е одржано Основачкото собрание на клубот (точната дата не може да се пронајде во документите), во кафеаната „Нада“ на Трајко Георгиевски – Ќорот едно неделно претпладне во бавчата на кафеаната во сенката под лозницата. На собранието биле присутни 30-40 лица меѓу кои биле играчите, а имало и некои видни граѓани, како и претставници на други фудбалски клубови од градот. Плановите за иднината на клубот ги претставил кандидатот за претседател Александар Танев. Во неговото обраќање бил изнесен и предлогот клубот да го носи името Спортски Клуб Работнички Скопје со седиште во Скопје, во Дебар Маало, а адреса на просториите на клубот немало потреба да се назначи, бидејќи било доволно да се каже Дебар Маало.
По Втората светска војна Работнички учествуваше во првото првенство на Првата лига на Македонија 1946 година заедно со Македонија и Победа од Скопје, Гоце Делчев (Прилеп), 11 Октовмри (Куманово) и Пелистер (Битола) кога го освои четвртото место. Првак беше Победа.
За првпат Работнички стана член на Првата лига на поранешна Југославија во сезоната 1952 година, како второпласирана екипа во Втората лига на Југославија. Прв беше Вардар со само бод предност пред Работнички. Во таа лига играа и Вележ, Будуќност, Раднички (Белград) Одред (Љубљана), Загреб…
Во периодот од 2001 до 2008 година, под раководство на компанијата „Кометал“, со претседателот
Трифун Костовски и потпретседателот Коста Костовски, спортски директор Драган Томовски, а потоа и Сашо Милошевски, клубот оствари одлични резултати.
Во сезоните 2004/05, 2005/06, 2007/08 го освои шампионскиот пехар во првенството на Македонија. Беа освоени два трофеи во Купот на Македонија, во сезоните 2007/08 и 2008/09, а Работнички во Европа одигра истакнати натпревари против францускиот клуб Лил, рускиот Локомотив Москва…Од 2008 година на чело на клубот е претседателот Драган Поповски, кој
продолжи со успешната работа и го надгради реномето на клубот. На меѓународната сцена Работнички одигра историски мечеви против Болтон, Ливерпул, Лацио.
Во јули 2011 година Работнички беше прогласен за најдобар клуб во светот според постигнатите резултати во тој месец, од Меѓународниот институт за фудбалска историја и статистика.
Освоена е шампионска титула во сезоната 2013/14, кога клубот дојде и до двојна круна со освојување на пехарот во Купот на Македонија. Трофејот во Купот е одбранет и во сезоната 2014/15.